scRNA_webGadget

Deployment of some single-cell processes under the framework of shiny 本软件基于Shiny运行框架开发，运用其中的GUI功能设计出原始的ui函数和server函数，在此基础上运用R语言的Rstudio编译器对ui函数和server函数进行编译，编译成可脱离Rstudio环境并且能够独立执行web App，只要在安装有Rstudio（R version>=4.1.0，可独立安装，且安装文件很小）的电脑上都可以运行本软件，成功地降低本软件的运行环境要求，提高可移植性。而且软件可以部署在Linux服务端通过web分发应用。访问者通过网络IP即可访问该分析工具。用户只需简单上传自己的单细胞矩阵，并在软件的显示面板调整好分析参数后，简单点击面板上的动作按钮，即可直观查询动态元数据表，引入的js脚本绘制数据分析的动态交互图表。设立基因查询模块，可以在查找表达矩阵中某个基因表达量的同时自动获取NCBI上的注释资料，以及癌症关联分析等。软件基于面向对象程序设计方法设计，可移植性强，可实现功能的扩展。 在UI端，用户通过提交单细胞分析下机后经过去双胞的rds文件，上传到服务器进行单细胞的基础流程分析运算，先是过滤低质量样本，该功能默认基于四分位距法对样本进行处理，用户也可以在UI端关闭该IQR过滤开关，然后选择卡样本的基因表达量；样本过滤之后，顺序进行数据标准化以消除异常值影响或富集表达量的离散，再完成基于默认参数的PCA降维和聚类运算。再UI界面Dat_页呈现可进行用户交互的meta.data数据表，样本统计数据；再Pcs_页，展示基于PCA各主成份的三维交互图形，允许用户自定义各坐标轴应该显示的主成分并实时刷新；在Fea_页，用户可以输入自己感兴趣的基因，服务端返回该基因在样本中表达的点图，以及同时展示该基因在NCBI数据的注释信息以及癌症关联分析统计。